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中国蛋白质组计划投入4000万美元

2014-6-15 14:50:37 阅读64 评论0 152014/06 June15

        中国科技部宣布启动一项4000万美元的科学研究项目,目标是绘制出健康和疾病状态下,包括心脏和肝脏在内的人类10个主要器官及组织的蛋白质组,以期构建出人体蛋白质百科全书。国际顶级科学期刊《科学》(Science)对这一消息持高度关注,并以“China pours money into proteins”为题进行了相关报道。

        这一项目的监督主管、北京蛋白质组研究中心主任秦钧(Qin Jun)表示,探索人类蛋白质组是与绘制人类基因组图谱相当的又一庞大科技工程。基因组提供的是“生命的密码”,而蛋白质则负责执行生命的指令。“蛋白质是细胞的功能执行者,相比基因组它与疾病和人类功能更直接相关,”秦钧说。

尽管对于全球人类基因组计划中国的科研人员只贡献了1%的数据,秦钧希望中国能够在开展中的人类蛋白质组计划中发挥更重要的作用。人类蛋白质组计划是一项全球性的研究项目,在不久前即5月28日的《自然》(Nature)杂志上参与这一项目的国际研究小组公布了第一张人类蛋白质组草图。秦钧称,中国的目标是最终为这一国际合作项目贡献“至少30%的数据”。

北京基因组研究中心首席科学家贺福初(He Fuchu)表示:“中国已为大型数据和生物信息学时代来临做好了充分的准备。”贺福初领导的这一大型蛋白质组项目将历时3-5年,全国40个实验室的大约200名研究人员参与其中。

当前两大主要的研究机构正在北京建造之中。命名凤凰工程(PHOENIX)的国家蛋

作者  | 2014-6-15 14:50:37 | 阅读(64) |评论(0) | 阅读全文>>

Identification of a Panel of Novel Serum Osteoarthritis Biomarkers

2014-6-15 14:32:44 阅读59 评论0 152014/06 June15

    本文用iTRAQ的方法比较了50 个中度OA病人血清,50个严重病人血清和50个无症状的对照个体的血清的蛋白质组差异。结果发现了若干在早期OA和晚期OA的特异表达蛋白。

该文的数据分析比较仔细,是值得借鉴的地方,此外分组采用的是10个样品一组,这样即降低成本又没有因为太多样品影响整个Pool的数据质量。

文章Journal of proteome research Impact Factor: 5.056

Reference

Patricia FP, Jesus M, Carolina FC (2011). Identification of a Panel of Novel Serum Osteoarthritis Biomarkers. Proteome Res. 10: 5095–5101.

作者  | 2014-6-15 14:32:44 | 阅读(59) |评论(0) | 阅读全文>>

这一篇是小编比较感兴趣的文章,小编以前曾经收集过OA和RA的关节液,他们对破骨细胞的诱导分化有明显不同的作用,与小编之前的假设相反,有些OA对Osteoclast的诱导更明显。可惜当时没有iTRAQ来分析其差异。这篇文章比较了10个RA和10个OA病人的关节液的差异,技术路线如下图:

作者通过比较OA和RA的关节液的差异发现了一些新的蛋白。可惜没有进一步的验证以及讨论起对于关节的破坏作用,这是一个很好的开始,可以继续深入开展很多工作。

Reference

Balakrishnan et al. (2014). Differential proteomic analysis of synovial fluid from rheumatoid arthritis and osteoarthritis patients. Clinical Proteomics 11:1.

作者  | 2014-6-15 14:24:08 | 阅读(86) |评论(0) | 阅读全文>>

胃癌是全球第四大肿瘤,第二大致死肿瘤。目前还没有非常有效的胃癌诊断标记物。

这篇文章用2D-LC-MS/MS的方法结合iTRAQ标记,分析了两株胃癌细胞系的分泌蛋白谱。两株细胞系分别是来源于原位癌的AGS和来源于淋巴转移灶的MKN7。实验路线如下图,分别培养细胞,去掉血清进行条件培养并收集细胞裂解液或者培养基,用iTRAQ进行标记并进行2D-LC-MS/MS分析。

结果发现在条件培养基中有90个蛋白的量高于全细胞裂解液。通过信号通路分析,exosome数据库分析发现这些蛋白中92.2%都是分泌蛋白。通过western,以及ELISA验证,发现GRN是在胃癌组织中表达,但是不在正常胃上皮细胞表达的蛋白;并且GRN在胃癌病人血清中的表达量比正常人群高。

这一研究发现GRN可能可以作为胃癌的诊断标记。

Reference List

Mining the Gastric Cancer Secretome: Identification of GRN as a Potential Diagnostic Marker for Early Gastric Cancer

作者  | 2014-4-25 21:02:04 | 阅读(75) |评论(0) | 阅读全文>>

研究背景:

弥漫性大B细胞淋巴瘤,Diffuse large B cell lymphomas 一般简称DLBCLs,是最常见的非霍奇金淋巴瘤 (NHL) ,约占全部NHL的 30%-40% 。它可原发于淋巴结或结外器官和组织,也可从惰性淋巴瘤转化而来。DLBC为非均质性疾病,在REAL和WHO分类中分为多种病理亚型,病理形态和免疫表型基本相同,但临床表现明显不同。

这种淋巴瘤的存活常常依赖于BCR(B细胞受体)介导的存活信号通路。但是有一类DLBCL的存活不依赖于BCR,它们的线粒体氧化磷酸化相关的很多基因表达量升高,意味着有一条另类的存活通路。

要知道线粒体在肿瘤的存活中发挥重要的作用。肿瘤细胞中经常会发生代谢通路的重新编程,导致某些代谢中间产物的持续供应,为肿瘤的物质生产提供原材料,ATP和还原当量(reducing equivalents)。糖酵解(glycolysis)是第一个被发现的在肿瘤中发生的代谢改变。糖酵解经常被归咎于线粒体呼吸(mitochondrial respiration)的损坏。线粒体即负责糖的代谢还负责氧化物的代谢,并且线粒体在肿瘤中发挥重要的作用,包括肿瘤细胞的存活,增殖等。

研究方法:

Harvard的Nika Danial实验室Caro(Caro et al., 2012)等选择用弥漫性大B细胞淋巴瘤(Diffuse large B cell lymphomas (DLBCLs))作为模型,用2D-DIGE和iTraq的方法研究了不同DLBCL亚型之间线粒体蛋白质组的差异。

作者  | 2014-4-24 22:09:33 | 阅读(36) |评论(0) | 阅读全文>>

邦菲生物愿景

2014-4-24 22:01:22 阅读36 评论0 242014/04 Apr24

我们的使命和理想在于推动生物新技术。

我们相信新的技术会改变生物行业,甚至人类进步。我们将关注聚焦放在最新的生物技术层面,哪怕是对仪器有着高昂成本、严苛的要求的实验。如itraq技术、三代测序、单分子测序技术。我们总是可以看到这项技术所带来的颠覆性的一面。并将它推广到市场,变为商业化的机制。

我们将生物新技术与临床发展结合,为临床领域提供前沿的技术支撑,为医生提供最新的生物技术思路。

我们相信新的技术来源于这些崭露头角的领域,并最终带动整个学术界的进步,我们期待为中国科研推波助澜,并且每一天都朝着这个目标努力着。

这就是邦菲生物,帮助您,实现生物领域的飞翔之梦。

作者  | 2014-4-24 22:01:22 | 阅读(36) |评论(0) | 阅读全文>>

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